A hajbeültetés műtét alapvetően három szakaszra bontható. Első körben az átültetésre kerülő hajtüsző egységeket, graftokat veszik ki, ezt általában a hatékony és megbízható FUE (Follicular Unit Extraction) módszerrel végezik. A FUE módszer azt jelenti, hogy egyenkénti kihúzásos módszerrel történik a hajvétel. A hajvétel másik, speciális módja lehet, az ún. FUT csíkvételi hajbeültetéses módszer. Mindkét technika esetében az egy vagy több hajszálat tartalmazó hajtüszőket a fej hátsó-oldalsó részéből nyerik ki és az így kinyert graftokat ültetik be a hajhiányos területre.
A hajbeültetés műtét második szakaszában a befogadó nyílásokat kell előkészíteni a hajhiánytól szenvedő területen. Ehhez sok apró nyílást kell ejteni a fejbőrben, amivel a hajbeültetés természetes megjelenését tudják szabályozni. A természetes megjelenéshez szükséges a hajszálak sűrűségének, irányának és dőlésszögének pontos meghatározása. Természetesen a hajvonal elülső kialakítása külön hangsúlyt kap.
A hajbeültetés műtét harmadik szakaszában történik meg a tényleges beültetés. A kinyert hajtüsző egységeket a fejbőrben ejtett apró nyílásokba ültetik be. Mikrosebészeti jellegű, ultrafinom technikával történik az eljárás. A graftok beültetése mind a FUE, mind a FUT hajbeültetési eljárásnál hasonló módon történik.
A hajbeültetés műtét helyi érzéstelenítéssel történik, maga az érzéstelenítés, egy injekció, ami minimális kellemetlenségével jár csupán, de a műtét ideje alatt viszont teljes fájdalommentességet biztosít. A műtét utáni fájdalomérzet egyéntől függően jelentkezik, de érzéstelenítési technikákkal a minimálisra csökkentik a kellemetlenséget.